L’ADN de nos ancêtres a encore parlé, racontant dix mille ans d’évolution de notre système immunitaire. Où il apparaît que le carcan des microbes, surtout depuis l’âge du bronze, a façonné les gènes qui régissent nos défenses immunitaires. Les virus et les bactéries ont ainsi été l’un des moteurs les plus puissants de l’évolution.
C’est une équipe de l’Institut Pasteur, à Paris, qui a fait parler cet ADN fossile. Ses résultats ont été publiés le 13 janvier dans la revue Génomique cellulaire. “ Notre objectif était d’identifier les mutations avantageuses, celles dont la fréquence a augmenté du fait de la sélection naturelle. Mais aussi des mutations délétères dont la fréquence a baissé », explique Lluis Quintana-Murci, professeur au Collège de France et à l’Institut Pasteur (CNRS, Université Paris Cité), qui a coordonné cette nouvelle étude.
Les auteurs ont examiné la variabilité des génomes de plus de 2 800 individus ayant vécu dans l’Europe actuelle pendant dix mille ans, au Néolithique, aux âges du bronze et du fer, au Moyen Âge et à l’époque actuelle. Ces génomes sont issus de la base de données de David Reich, spécialiste de paléogénomique à l’université de Harvard (Etats-Unis). Au total, l’équipe parisienne a suivi l’évolution de 1,3 million de mutations ou « variants » de l’ADN.
“Ce phénomène est assez récent”
Les auteurs ont d’abord identifié 89 gènes dont les mutations bénéfiques se sont propagées dans le temps. La plupart de ces gènes sont impliqués dans nos premières lignes de défense immunitaire (les soi-disant “ inné »), comme les gènes OAS (aux fonctions antivirales) ou ceux du système des groupes sanguins ABO (la fréquence des groupes A et B a augmenté avec le temps).
Les chercheurs ont également trouvé d’autres gènes connus pour avoir été sous sélection positive en Europe, comme le gène de la lactase (qui permet la digestion du lactose) ou l’un des gènes associés à la pigmentation claire de la peau (qui maximise la production de vitamine D par l’organisme, en cas de faible ensoleillement).
Le deuxième résultat est une surprise : la plupart des mutations avantageuses, pour lutter contre les virus et les bactéries, sont apparues à l’âge du bronze, il y a environ quatre mille cinq cents ans, puis se sont rapidement propagées à travers l’Europe.
“ Le grand intérêt de cette étude est d’avoir établi la chronologie de la sélection des gènes de l’immunitéestime Simon Fillatreau, professeur d’immunologie à l’Institut Necker-Enfants malades (AP-HP, Inserm, CNRS, Université Paris Cité). Et d’avoir ainsi montré que ce phénomène est assez récent. »
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